Structure de la protéine

Structure de la protéine

Toutes les protéines sont constituées d'une ou de
plusieurs longues molécules appelées polypeptides.
Chaque polypeptide est composé de petites molécules
reliées bout à bout et appelées acides aminés. Les 20
types d'acides aminés utilisés par les cellules vivantes
ont tous une structure d'armature identique, qui sert à lier
ensemble les acides aminés en une longue chaîne.
Chaque type d'acide aminé possède également ce qu'on
appelle un groupe latéral, distinct sur le plan chimique,
selon le type d'acide aminé. Bien qu'il ne soit pas
nécessaire d'exposer en détail la façon dont varient les
structures des groupes latéraux, mentionnons qu'ils
peuvent être regroupés en plusieurs catégories.
Par exemple, certains groupes latéraux sont non
polaires, tandis que d'autres sont polaires. Les
molécules polaires et non polaires restent généralement
éloignées les unes des autres. (Avez-vous jamais
remarqué que l'huile de cuisson et l'eau ne se mélangent
pas, mais demeurent ensemble dans de grosses bulles?
C'est justement parce que les molécules d'huile sont non
polaires, et les molécules d'eau, polaires) Les molécules
d'eau sont polaires, et comme les molécules non polaires
n'aiment pas s'associer à des molécules polaires, nous
appelons souvent les molécules non polaires
hydrophobes (du grec, « craignant l'eau »). Par ailleurs,
les molécules polaires sont hydrophiles (du grec,
« aimant l'eau »), car elles aiment interagir avec l'eau.

Les protéines, qui flottent dans la cellule ou
n'importe où dans votre corps, sont entourées d'un
milieu principalement aqueux.. Qu'arrive-t-il à la
longue chaîne d'acides aminés, dont certains sont
hydrophobes et d'autres hydrophiles?
La protéine se plie en une structure en trois dimensions où la plupart des acides aminés
hydrophobes sont tournés vers l'intérieur de la structure (s'écartant de l'eau) et où la plupart
des acides aminés hydrophiles se trouvent en surface, tournés vers l'eau. En conséquence, les types d'acides aminés et l'ordre dans lequel ils se situent dans la chaîne détermineront
comment la protéine finira par se plier dans l'eau, et, dès lors, sa structure en trois
dimensions dans votre corps.

Cette structure tridimensionnelle est essentielle au bon
fonctionnement de la protéine. Une protéine de
transport membranaire, par exemple, est intégrée dans
la membrane de la cellule et a la forme d'un tunnel ou
d'un corridor reliant chaque côté de la membrane à
l'autre. Elle a pour tâche de permettre à certaines
molécules qui le peuvent d'entrer ou de sortir de la
cellule. De toute évidence, la forme de la protéine de
transport est très importante pour qu'elle puisse remplir
correctement sa fonction! Une protéine de transport mal
formée peut avoir un corridor « bloqué », ce qui signifie
que les grosses molécules ne peuvent entrer ou sortir de
la cellule. Les enzymes constituent un autre exemple de
catégorie de protéines dont la forme est essentielle à leur
bon fonctionnement.